柚子の実を１つずつ、蔕の少し下の部分で切り、そこからくり抜いて中の実を丁寧に取り出します。取り出された実の部分から種を取り除きます。この種の除去が大変面倒な作業ですが、種が残らないように丹念に取り除かれます。このように処理された実を俎の上で包丁でたたいて出来るかぎり細かくなるまでみじん切りします。見た目ではペースト状になるまで丹念に叩き切ります。このようにした柚子の実と白味噌（粗味噌）を混ぜて、白味噌と柚子の実がまんべんなく混ざり合うまで丹念に和えます。この際、種を除く過程でできた柚子の果汁で風味をだしたり硬さを調整します。
　このようして作られた柚子みそを再び皮の中に詰め込み、先に切り取った蔕の部分で蓋をします。そして透明な袋に１つ１つ丁寧に入れて心を込めて完成します。これを「終い大師」の日までねかせると、柚子と味噌が熟成して美味しくなるそうです。約４時間の間で約300個つくられ、御本尊にお供えされます。「終い大師」の２１日午前９時から参拝者らにお供物として授けられます。